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JCLA:一种低成本和低模板加尾法用于单细胞全基因组测序

作者:Gladiator 来源:MedSci原创 日期:2019-07-15
导读

         本研究开发了一种低模板加尾法,从亚纳米克或更少的DNA来评估基于MALBAC的WGA。采用2100生物分析仪对MALBAC产品的粒度分布进行了评价,并与10380 bp进行了比较。

关键字:  单细胞全基因组测序 |  |  |  

        单细胞全基因组测序为了解正常细胞和病变细胞的遗传异质性提供了新的视角。然而,扩增福尔马林‐固定组织的低细胞数仍然存在问题。基于循环‐扩增周期(MALBAC)是一种常用的需要多次退火低细胞数全基因组扩增(WGA)方法。

        本研究开发了一种低模板加尾法,从亚纳米克或更少的DNA来评估基于MALBAC的WGA。采用2100生物分析仪对MALBAC产品的粒度分布进行了评价,并与10380 bp进行了比较。

        研究显示,在13个样本在一组研究中,与22个位点qPCR平行检测相比,低模板加尾法WGA的评价方法表现出较为接近的效率,输入较低,成本便宜,手动时间短,且过滤截止值清晰。之后,在另外29个样本中,我们用两套方法证明了加尾大小与覆盖宽度之间的强相关性。结果表明,加尾法能准确预测出三种方法的序列宽度是否达到70%,准确率为100%。虽然还需要进一步的研究,但这种加尾法有望成为建库前选择高质量WGA产品的一种优秀工具。

        研究表明,我们的加尾法可以提供一种新的WGA质量检测方法,以100%的准确度(42/42)评价WGA的效率。与qPCR板相比,我们的低模板加尾法法需要更低的投入、更低的成本、更短的人工时间、清晰的滤波截止、可扩展的高通量以及类似的灵敏度。

        原始出处:

        Changyue Chen, Jing Li, A low cost and input tailing method of quality control on multiple annealing, and looping‐based amplification cycles‐based whole‐genome amplification products

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